Het benoemen van een bisschop, abt of proost (hoofd van het kapittel van kanunniken) liep geregeld uit op geharrewar tussen de wereldlijke en geestelijke macht. De laatste rechtmatige paus van Avignon, Gregorius XI wilde perse de overigens weinig flamboyante bisschop van Atrecht, Pierre Mazuyer, aanwijzen als opvolger van de overleden proost van de proosdij van de Sint-Donaaskerk in Brugge. De proost Guy de Boulogne was in 1374 in Lerida vergiftigd door een huurling van de koning van Navarra. Alhoewel hij zich nimmer vertoonde in de proosdij was dit beneficie (een als gunst verleend kerkelijk ambt) voor hem een belangrijke bron van inkomsten (prebende). Wellicht had Mazuyer jarenlang een dure expectative (een vooruitzicht op een beneficie) betaald voor dit belangrijke ambt net zoals zijn voorganger die maar liefst vijftien jaar de kandidatenlijst aanvoerde. Ook die installatie was rond 1340 door de toenmalige paus Benedictus XII doorgedrukt terwijl het kapittel tussendoor tot twee keer toe een eigen proost koos. Nu schoof Gregorius XI opnieuw het kapittel en de graaf ter zijde. De graaf was bij deze benoemingen betrokken aangezien de proost over het algemeen zijn grafelijk kanselier werd. Alhoewel de paus tot driemaal toe de benoeming van Mazuyer schriftelijk had bevestigd trok het kapittel zich daar niets van aan en droeg de Kortrijkzaan Zeger van Beke voor, een vertrouweling van de graaf van Vlaanderen en prelaat die overladen was met beneficies in Vlaanderen, een zwaargewicht dus. Wijselijk liet Mazuyer zich in Brugge niet zien en zag af van zijn benoeming. Gregorius XI zette door en benoemde in zijn plaats kardinaal Robert van Genève, een achterneef van Guy de Boulogne. Ook de benoeming van deze man die later bekend zou staan voor zijn bruut optreden als pauselijke legaat in Italië en verantwoordelijk was voor het bloedbad van Cesena (1377) werd nimmer bevestigd. Na het overlijden van Gregorius XI op 27 maart 1378 in Rome kon Zeger van Beke op 2 mei zijn beneficie in ontvangst nemen. Robert van Genève zat ondertussen ondergedompeld in de problemen rond de volgende pauskeuze wat uitmondde in het onwettige conclaaf van Fondi dat hem op 20 september verkoos tot de schismatieke paus Clemens VII. Zeger van Beke onthield hem zijn obediëntie en verloor als sanctie zijn prebende uit het bisdom Doornik dat door het schisma ineens twee rivaliserende bisschoppen had. Zeger van Beke overleed in 1393 waarna het kapittel een opvolger verkoos zonder de paus van Rome of Avignon hierin te betrekken. Lodewijk van Male was toen reeds overleden en opgevolgd door zijn dochter Margaretha die gehuwd was met Filips de Stoute.

In diezelfde periode liepen in de Sint-Donaaskerk de onderhandelingen over een wapenstilstand in de 100-jarige oorlog tussen Engeland en Frankrijk, die resulteerden in het verdrag van Brugge (1375). Filips de Stoute was een van de hoofdonderhandelaars voor Frankrijk.