De benedictijnerabdij van Cluny, opgericht rond 910, was bij het aantreden van Clemens V niet meer de machtige abdij van de vroege middeleeuwen met meer dan duizend dependances verspreid over geheel Europa. Naast Cluny waren vele kloosters opgericht die de regel van de heilige Benedictus volgden, zoals de Sint-Victor abdij van Marseille en de abdij van Chaise-Dieu wiens abten paus werden in Avignon, Urbanus V en Clemens VI. Benedictijnerabdijen waren autonoom. Bij het ingaan van de 14e eeuw lag de abdij van Cluny onder de plak van de koning van Frankrijk en werden de abten door de paus aangesteld, vaak uit zijn eigen kring en als opstap naar een bisdom of aartsbisdom. Geen wonder dat koning en paus Cluny aandeden op hun weg naar Lyon voor de kroningsceremonie van de pas verkozen paus Clemens V. Koning Philips IV verbleef er drie dagen vanaf Allerheiligen 1305. Enige maanden later in mei 1306 arriveerde Clemens V met zijn gevolg. Cluny dat zuchtte onder de afdracht van tienden aan de koning en de prijzige annaten (jaarlijkse afdracht aan de heilige Stoel) kon deze geldverslindende bezoeken financieel nauwelijks aan. Het betekende niet dat de abten zich niet persoonlijk verrijkten. Abt Henry I de Faultrière (1308-1319), benoemd door Clemens V, ontving gedurende vier jaar maar liefst twintig procent van de opbrengsten uit alle beneficies van alle abdijen van Cluny. Abten in commendam zoals ze genoemd werden, waren een ware gesel voor de abdijen. Titulaire abten plukten hun abdijen kaal, zonder residentieplicht of bestuurlijke bemoeienis. De Franse kardinaal Elie Talleyrand de Périgord verzamelde tussen 1331 en 1341 maar liefst 9 priorijen en 1 abdij in commendam. In de 17e eeuw waren Richelieu en Mazarin titulaire abten van Cluny. Tijdens de Avignonese periode kende Cluny acht abten waarvan Audrouin de la Roche (abt van 1351 tot 1361) het meest tot de verbeelding spreekt. Hij was een van de onderhandelaars in Londen die de gegijzelde koning van Frankrijk Jan II wilde loskrijgen wat resulteerde in het verdrag van Londen. Jan II had bij Poitiers een zware nederlaag geleden tegen het Engelse leger en was daarbij gevangengenomen en overgebracht naar Londen. Na afwijzing van het verdrag door het Franse parlement belegerden Engelse legers Chartres. De onderhandelaar de la Roche was erbij. Bij wonder trof een alles verwoestende hagelstorm het Engelse kampement bij de stad waarna de onderhandelingen hervat werden in Brétigny. De koningen van Frankrijk en Engeland zaten in persoon met alweer de la Roche aan de onderhandelingstafel. Dit keer lukten de besprekingen wel. In 1361 kardinaal geworden werd la Roche vicaris generaal van de Pauselijke Staten en vergezelde hij paus Urbanus V naar Rome. Wachtend op de repatriëring van de paus naar Avignon overleed de la Roche op 29 oktober 1369 aan de pest in Viterbo. Hij werd begraven in de kerk van de Servieten te Viterbo en daarna overgebracht naar Cluny. Zijn opvolgers konden bij lange na niet in zijn schaduw treden. Tijdens het Westers Schisma geraakte Cluny verstrikt in de netten van de elkaar bevechtende pausen. Cluny had veel van haar grandeur uit de vorige eeuwen verloren en leed aan intern verval. De regel van Benedictus werd nog nauwelijks nageleefd en de inkomsten van de abdij waren onvoldoende, zelfs voor de aanschaf van de noodzakelijke attributen voor de eredienst. Een terugkeer naar de oorspronkelijke observantie was dringend nodig, een besef dat ook bij de andere kloosterordes leefde. Het concilie van Konstanz (1414-1418) dat het schisma beëindigde legde de lappendeken van benedictijnenkloosters een organisatie op naar het voorbeeld van de cisterciënzers.